Отделение было основано крупным ученым-геологом В.А. Обручевым, который стал его первым деканом. Также в создании химического отделения института принимал активное участие известный ученый-химик Д.И. Менделеев. Впоследствии на отделении велась подготовка специалистов в области металлургии, органической, неорганической и аналитической химии.

Она явилась родоначальницей горно-геологического образования и горно-геологической науки в азиатской части России, сыграла и продолжает играть определяющую роль в открытии, изучении и освоении минеральных богатств Сибири, Дальнего Востока и Средней Азии. По распоряжению В.А. Обручева в 1902-1905 г. был построен горный корпус (1 корпус ТПУ), который и по сей день является украшением г. Томска. Именем В.А. Обручева названы научные учреждения, вулканы, ледники, горы и горные хребты, минералы, аллея, а также улица в г.Томске.

Геологоразведочный факультет (ГРФ), который далее был переименован в факультет геологоразведки и нефтегазодобычи (ГНФ), выпустил целую плеяду выдающихся ученых, инженеров и организаторов производства: академиков М.А. Усова, К.И. Сатпаева, В.А. Кузнецова и многих других.

Из почти 12 тысяч выпускников ИГНД более 150 стали первооткрывателями месторождения, более 50 – лауреатами Государственных премий, более 130 – докторами и более 730 – кандидатами наук.

Создан на базе кафедр Института геологии и нефтегазового дела, химико-технологического и машиностроительного факультетов. Институт объединил старейшие отделения университета - горное и химическое.

При создании школы кафедры были укрупнены до отделений с сохранением ведущих научных направлений. В настоящее время в инженерной школе успешно функционируют отделение геологии (ОГ), отделение нефтегазового дела (ОНД) и отделение химической инженерии (ОХИ).